没试过的版本，但是看着靠谱：
　　注：如果你之前配置过hsql版本，这次修改mysql数据操作会导致配置数据丢失，所以请注意备份
　　一、 创建名为jiradb的mysql数据，编码格式为utf-8
　　二、修改jira配置文件confserver.xml的数据库配置部分如下
<Resource name="jdbc/JiraDS" auth="Container" type="javax.sql.DataSource"
username="root"
password="123456"
driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"
url="jdbc:mysql://localhost:3306/jiradb?autoReconnect=true&amp;useUnicode=true&amp;characterEncoding=UTF8"
maxActive="20"
validationQuery="select 1"
/>
　　三、修改jira的另外一个配置文件atlassian-jiraWEB-INFclassesentityengine.xml的datasource设置如下
<datasource name="defaultDS" field-type-name="mysql"
helper-class="org.ofbiz.core.entity.GenericHelperDAO"
check-on-start="true"
use-foreign-keys="false"
use-foreign-key-indices="false"
check-fks-on-start="false"
check-fk-indices-on-start="false"
add-missing-on-start="true"
check-indices-on-start="true">
　　接着重启jira，如果你是win7，记得要右键以管理员身份运行
　　好了，接下来你访问的时候他会自动创建表和一些默认数据
　　然后让你重新配置一些东西，包括mail发送邮件服务器等。
　　在tuicool上找到一篇更简单的办法，重新configurate啊。  至少对我来说这个是简单的，
　　转： http://www.tuicool.com/articles/7feMjqy
　　由于之前偷懒JIRA使用了内置的HSQL，近将HSQL内容迁移到了MySQL上，在这里记录一下迁移过程。
　　通过JIRA管理员登录，进入“管理员页面”，“系统”--“导入&导出”，以XML格式备份数据。
　　在MySQL中创建Schema，命名为jira
　　关闭JIRA服务
　　备份一下JIRA的安装目录和数据目录
　　在JIRA的数据目录下删除文件：dbconfig.xml
　　重新启动JIRA服务
　　再访问JIRA，会再次出现第一次安装时候的数据库配置。在这里输入MySQL的地址、用户名、密码、数据库名称等，测试连接成功后，点击下一步
　　选择“import your existing data”，将第一步导出的XML导入，至此完成数据库迁移。
　　安装目录，是安装时候选择的目录，这里不详细说了。
　　数据目录，可能刚开始使用的话不太理解，这里主要存储了导入导出数据，附件等内容。参考路径如下：
　　C:Program FilesAtlassianApplication DataJIRA (on Windows) or
　　/var/atlassian/application-data/jira (on Linux)