我的电脑：Fedora-19
　　$ uname -a
　　Linux localhost.localdomain 3.11.10-200.fc19.i686 #1 SMP Mon Dec 2 20:48:22 UTC 2013 i686 i686 i386 GNU/Linux
　　使用xmodmap工具进行修改，使用man xmodmap，里面有交换按键caplock(大小写切换键)和右ctrl键的例子，
　　如果您的修改不同，可以做相应的替换即可。我是参考这个例子对我的右Alt键和Ctrl键进行修改的。
　　下面先看man自带的例子
!
! Swap Caps_Lock and Control_L
!
remove Lock = Caps_Lock
remove Control = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock = Caps_Lock
add Control = Control_L
　　将上面的语句写入文件，例如keymaprc，然后xmodmap keymaprc即可生效，因为这个是交换键的功能，如果您执行第二次的话，按键又会恢复回来的。
　　注意：这个重启会失败。
　　下面是我自己的修改，为了重启也能有效，我将命令xmodmap keymaprc写入启动脚本里面，也把keymaprc命名为隐藏文件: .keymaprc，放在$HOME目录下。
$ cat ~/.keymaprc
remove Control = Control_R
remove mod1 = Alt_R
keysym Control_R = Alt_R
keysym Alt_R = Control_R
add Control = Control_R
add mod1 = Alt_R
　　alt对MODIFIERNAME为mod1，可以在man文档中找到其他的MODIFIERNAME，也可以直接xmodmap查看，window键应该对应mod4
$ xmodmap
xmodmap: up to 4 keys per modifier， (keycodes in parentheses):
shift Shift_L (0x32)， Shift_R (0x3e)
lock Caps_Lock (0x42)
control Control_L (0x25)， Control_R (0x69)
mod1 Alt_L (0x40)， Alt_R (0x6c)， Meta_L (0xcd)
mod2 Num_Lock (0x4d)
mod3
mod4 Super_L (0x85)， Super_R (0x86)， Super_L (0xce)， Hyper_L (0xcf)
mod5 ISO_Level3_Shift (0x5c)， Mode_switch (0xcb)
　　为了重启有效，在~/.bashrc文件后面加入下面的执行命令，存在问题，每打开一个终端命令会被调用一次，按键被恢复过来的，不知道放哪
　　xmodmap $HOME/.keymaprc
　　重启会生效了，当然也可以直接source ~/.bashrc不过只有当前终端生效。